Essa rebelião teve início com uma briga entre detentos no pavilhão 9. Liderados pelo coronel Ubiratan Guimarães, a intervenção da PM tinha por objetivo conter a confusão no local.
Sobreviventes afirmam que o número de mortos é superior ao divulgado e que a Polícia estava atirando em detentos que já haviam se rendido ou que estavam se escondendo em suas celas. Nenhum dos sessenta e oito policiais envolvidos no massacre foi morto.
A promotoria do julgamento do coronel Ubiratan classificou a intervenção como sendo “desastrosa e mal preparada”.
Um tribunal brasileiro condenou em abril de 2013, 23 de polícias militares a 156 anos de prisão cada um pelo seu envolvimento na morte de 12 presos durante o massacre. No conjunto do processo irão ser julgados 76 agentes pelo massacre.
Em junho de 2001, o coronel Ubiratan foi inicialmente condenado a 632 anos de prisão por 102 das 111 mortes do massacre (seis anos por cada homicídio e vinte anos por cinco tentativas de homicídio). No ano seguinte, ele foi eleito deputado estadual por São Paulo. O coronel teve seu recurso julgado pelo Órgão Especial do Tribunal de Justiça, e com 20 votos a 2, foi reconhecido que sua sentença condenatória era um equívoco.
No dia 10 de setembro de 2006, o coronel Ubiratan foi assassinado num crime com nenhuma ligação aparente ao massacre.